La commenda, fu il sistema escogitato alla fine del medioevo per risollevare i  monasteri in difficoltà o decaduti affidandoli ad un prelato estraneo all`ordine monastico: il quale assumeva il titolo di abate commendatario, ma non stava in monastero; traeva profitto dal patrimonio dell`abbazia, spesso ingente, ma non la governava come si conviene ad un vero abate; provvedeva del necessario la comunità monastica, quasi sempre ridotta ai minimi termini, ma non la dirigeva spiritualmente. E quello che doveva essere un rimedio all`imperversare della decadenza, finì spesso, come è facile intuire, per essere peggiore del male che si voleva curare.
L’interno quattrocentesco è diviso in tre navate da otto colonne di spoglio di epoca romana. Ai lati dell’ingresso vi sono due acquasantiere, gotica quella destra e quattrocentesca l’altra. La decorazione ad affresco della navata centrale, così come quella delle volta delle navate laterali, è opera della scuola dello Zuccari (1576) rappresentanti decorazioni a grottesche di vario genere. Nelle false nicchie, tra le finestre, sono figure di apostoli; al di sotto, i dottori della Chiesa greca e latina; tra gli archi, i pontefici dell’ordine benedettino; sull’arco trionfale l’Annunciazione e i Santi Benedetto e Scolastica. Al centro del soffitto a cassettoni, spicca lo stemma degli Orsini.